4.2010年7月，水利部向初步设计尚未批复的中国水利水电出版社图书配送中心基础设施改造工程下达中央预算内投资计划647万元。
5.2010年1月，所属检测中心未经主管部门批准，以检测仪器等实物(评估价值130万元)投资郑州国水机械设计研究所有限公司，未及时进行账务处理。
6.所属两家单位房产出租等收入未纳入会计账簿核算。
(1)2007年至2010年，水规总院采取以收抵支的方式，将部分房产委托一家公司代管出租，取得房租等收入282.09万元、支出266.11万元，未纳入该院会计账簿核算。
(2)2006年9月，中国灌溉排水发展中心将收到的200万元征地补偿款，在其所属节水灌溉示范基地“其他应付款”科目挂账，未纳入该中心会计账簿核算。
7.2009年至2010年，3家所属单位使用不规范的发票入账或套现84.86万元。其中，综合事业局下属华夏传媒公司28.92万元，中国水利企业协会29.46，水利发展研究中心所属北京中水润泽咨询有限公司26.48万元。
8.所属综合事业局存在的问题。
(1)2007年12月，该局在既未履行报批手续，也未按规定进行资产评估和产权挂牌交易的情况下，将其使用自筹资金5109万元建设的综合业务楼所有权，以5520万元的价格转让给其参股企业新疆昌源水务集团有限公司。
(2)2008至2010年6月，综合事业局及下属水利建设管理总站等8家单位收取鉴定费、评审费、人事档案代理费、水土保持方案技术评估费等各类费用5455.9万元，并作为经营服务性收费管理。
(3)截至2010年9月底， 综合事业局及所属北戴河疗养院等单位于2002年至2009年间陆续完工的“综合业务楼网络建设”等基本建设项目，累计投资3280万元，均未办理验收和竣工决算。
(4)2006至2008年，综合事业局未经批准，借给北戴河疗养院资金2300万元；北戴河疗养院未经批准，借给北戴河新华假日酒店资金1800万元，用于酒店装修，截至2010年9月底出借资金尚未收回。
(5)2007年5月，综合事业局控股公司参股的中水汇金资产管理(北京)有限公司公司临时负责人未按公司章程规定，在未报经公司股东会研究同意的情况下，擅自决定进行股票投资。至2010年8月底，累计投入4280万元、收回3718.16万元，股票账户资金余额469.82万元。
9.所属水利部科技推广中心存在的问题。
(1)截至2010年8月，水利部科技推广中心2003年至2009年从其出资设立的北京新禹万融高科技有限公司应分得的投资收益13.2万元，未及时收回。
(2)水利部科技推广中心2009年按月向职工发放“移动电话”、“交通补贴”等津贴和补贴共计41.45万元，未按规定纳入当期工资收入及扣缴个人所得税。
