人们有时会把咳嗽作为暗号，在这种情况下咳嗽是有意识的。但是在通常情况下，咳嗽是一种无意识的本能反应，是人体清理呼吸道，排除多余的分泌物、微生物、异物的一种生理反应。当有刺激物（细菌、病毒、鼻涕、污染物等等）进入到肺部，刺激肺部的神经分泌黏液去包裹它们。同时肺又把信号传递到了脑的最下部（延髓）去控制咳嗽的中枢，由咳嗽中枢发出咳嗽的指令。一次咳嗽分三个阶段。首先是吸入一口气。然后喉咙中的声门就像两扇门一样暂时地关闭，把吸入的空气关在了里头，这些空气一时跑不出去，增加了声门的压力。最终，胸部肌肉收缩，声门重新打开，肺猛地把其中的空气通过嘴呼出去，借此清理了呼吸道，通常还伴随着声音。
有很多种因素能引起咳嗽，例如吸入烟雾、过敏、吸入食物、空气污染、哮喘、肺部肿瘤、呼吸道感染等。呼吸道受到细菌、病毒的感染是咳嗽的主要因素。许多细菌和病毒入侵呼吸道后都能刺激咳嗽，这样它们能随着咳出的飞沫、痰而传播开去，去感染更多的人。在细菌、病毒被消灭之后，有时还会持续咳嗽一段时间，甚至长达数周。这时的咳嗽是没有痰的干咳，它是由于炎症引起的。反复的咳嗽产生炎症，炎症导致不舒服，进而刺激更多的咳嗽，形成恶性循环。
所以咳嗽本身不是病，而是人体为了保障呼吸道畅通的一种自我保护。频繁、严重的咳嗽则是某种疾病的症状，例如普通感冒、流感、咽喉炎、支气管炎、肺炎、肺结核。既然咳嗽是人体保护反射，止咳反而有可能危害健康，特别是肺病患者更是如此，分泌物积蓄在肺部不咳出来并非好事。所以，一般是不提倡止咳的。如果咳嗽过于严重而需要治疗，也应该是针对引起咳嗽的病因，根除咳嗽的因素（例如抗菌、消炎、戒烟），而不是简单地强制止咳。
如果咳嗽严重到影响生活，可以考虑使用止咳药。止咳药通过作用于大脑中的咳嗽中枢、暂时抑制住咳嗽反射而发挥作用。止咳药包括天然的麻醉品，例如从鸦片中提取的可待因，但是它会成瘾。在上个世纪50年代，美国海军和中央情报局资助研究寻找“不会成瘾的可待因替代品”，发现右美沙芬既能止咳又不会成瘾，这种合成的麻醉品后来就被广泛用在感冒药中。
中医则把咳嗽看得非常严重，甚至认为“五脏六腑皆令人咳”（《黄帝内经》），非治不可，出现了许多用以止咳的中草药、中成药。其中最著名的可能是川贝母，川贝母为百合科植物卷叶贝母、暗紫贝母、棱砂贝母、甘肃贝母等多种同属植物的鳞茎，鳞片形状像一个个小贝壳，所以叫做贝母。又因为自古认为以四川产的贝母最好，所以就都叫川贝母。川贝母含有大量的生物碱，有人认为这是其有效成分，但是不同种的川贝母所含的生物碱并不相同。中药最早的经典《神农本草经》把贝母列为中品药，但是所列的功效中并无止咳这一条，而是“主伤寒烦热，淋沥邪气，疝瘕，喉痹，乳难，金创，风痉”。魏晋陶弘景辑的《名医别录》又给贝母加入了许多功效，其中才包括治疗“咳嗽”。
按中医的说法，咳嗽是因为肺有热而生痰，而贝母味苦性寒，能泄热；贝母在秋天采取，味辛，色白，五行中秋、辛、白都属金，肺也属金，而且贝母的形状也像肺，凡此种种，就注定了贝母是润肺化痰的良药了。实际上川贝母是否真的能止咳是很可疑的，在这方面并没有可信的证据。反而有些研究表明它有不容忽视的副作用。川贝母的生物碱可使实验动物的血压下降，并伴有短暂的呼吸抑制，以及血糖升高。临床上有因服用贝母出现心率缓慢、心音弱等心肌中毒现象和心源性脑缺氧综合征，大剂量服用贝母能引起全身出血、血压下降、急性肾功能衰竭。
款冬花是另一个著名的止咳中药。它被用来止咳的历史甚至比贝母还要长，在《神农本草经》中已把“咳逆上气”列为款冬花的主治了。款冬花是菊科植物款冬的花蕾，“款”的意思是至，这种植物在冬天开花，故名。款冬生长在水中，它的花能在冬天破冻而出，中医认为这说明它“本为至阳之物”，所以能“以坚冰为膏壤，吸霜雪以自濡”（《本经疏证》），性温纯阳，和贝母的性寒不同。但是为何性温纯阳也能像性寒一样润肺止咳呢？就因为它是生长在水中的，这叫“从阴生阳”，“禀水中之生阳”，所以就能润而不燥，可以用来治“温热之邪郁于肺经而不得疏泄者”了（《本草崇原》、《本草正义》）。只要认定了它能润肺化痰止咳，不管性温性寒，怎么都说得通的。
款冬在西方也是传统草药。并无确凿的证据表明款冬花有任何疗效。德国管理草药的机构曾经批准用款冬治疗咽喉痛，但在发现款冬有肝毒性后即禁止使用。款冬花中含有具有肝脏毒性的吡咯里西啶生物碱，包括千里光宁碱和克氏千里光碱，动物实验表明款冬花能致癌，可使大鼠肝脏长出肉瘤。曾有临床报道，有婴儿因为服用用款冬做的草药茶而导致严重的肝病，也有孕妇因服用款冬茶而导致新生儿患有肝病。
根据国家食品药品监督管理局在2008年3月14日发布的通知，川贝枇杷糖浆、川贝枇杷颗粒含有国际奥委会禁用的兴奋剂成分普拉雄酮，应当在其标签或者说明书上用中文注明“运动员慎用”字样。其实慎用的岂止是运动员，对各种止咳药都应该慎用，尤其是儿童。方舟子
