辛亥革命后，从革命隐君子到革命逃亡者
1911年10月10日晚，武昌城内西南左旗新军工程第八营营房响起枪声，一群全副武装的士兵冲出兵营，向湖广总督府进攻。湖广总督于10月10日深夜逃出督署，清廷以袁世凯为内阁总理大臣，袁赴北京就职。在革命军方面，各省都督府代表联合会集议于南京，孙中山从海外归来，于是在1911年12月29日推选孙中山为临时大总统。
辛亥革命结束了清朝268年的政权，但革命尚未成功。
孙中山在沪期间，曾与宋耀如见面，要求其了解在华传教士对武昌起义及建立中华民国的反应。
1912年1月1日，孙中山抵南京就任中华民国临时大总统，宣布中华民国成立。
1912年1月12日宋耀如在致孙中山的函中首先便称：“在华传教士团体的舆论是支持我们建立民国的”，下文有“自从我上次见到你后，我已经与许多传教士进行了谈话，据我所知，外国力量不会干涉我们的行动，除非我们的军队伤害外侨或财产”。据此判断，宋耀如是在见过孙中山后，应孙中山要求，了解在华传教士对武昌起义及建立中华民国的反应的。
宋耀如在致孙中山的信中，介绍宋蔼龄给孙中山当英文秘书。孙中山就任临时大总统3个月期内，部分功能在统合独立后各省，并透过北伐或议和，促使清帝退位。孙中山按照议和的约定，于2月13日向参议会荐袁世凯自代。4月1日，孙中山解职，南京临时政府结束。
4月3日，孙中山由宁赴沪，唐绍仪、胡汉民、于右任等同行。旋至宋耀如宅话旧。上文所称引的他在与李晓生函中所说的：“宋君嘉树者……是亦世之隐君子也。弟今解职来上海，得再见故人，不禁感慨当年与陆皓东三人屡作终夕谈之事。今宋君坚留弟住其家以话旧，亦得以追思陆皓东之事也。”指的是这次到上海。
4月6日宋蔼龄首次以孙中山秘书的身份公开露面，随其视察江南制造局，出席统一党欢迎会，会后又在哈同花园与孙中山及其长女孙娫、次女孙婉以及哈同花园主人哈同合影留念。4月7日至13日，孙中山应副总统黎元洪之邀，偕亲属赴鄂访问，宋蔼龄以秘书身份随行。4月14日回到上海，孙中山与其子女宿宋耀如家。4月17日下午3时，孙中山出席由基督教徒召开的欢迎会并演说；青年会创始人之一，第四任会长宋耀如在场。4月21日孙中山参观马尾造船厂。
在这段时间里，宋耀如与孙中山家人关系密切；宋耀如协助孙中山送子女赴美国继续留学。孙中山到上海，仍寓居宋耀如宅。
孙中山虽然离开临时大总统职务，但他仍然在各地演说，宣传他主张的三民主义的思想及建设铁路的计划。1912年9月9日，袁世凯特授孙中山“筹划全国铁路全权”，授予他“全国铁路督办”，命孙中山将拟筑之路先与各国商人商议借款招股事宜，按照将来参议院议决条例订定合同，报明政府批准；一面组织铁路总公司，以利进行。孙中山接受任命后，考察各条铁路线，宋耀如随行。
由于宋耀如一家与孙中山已成莫逆之交，以及宋耀如长期对革命所作的贡献，因此，国家派遣一批功勋子弟到国外留学，宋子文也在其中，派往美国留学。
宋耀如公开担任孙中山开办的中国铁路总公司会计。开始在孙中山革命事业中走向第一线，随同孙中山四处奔波。
1913年3月7日，孙中山在横滨参观日本海军基地，宋耀如在场。3月11日，孙中山参观大坂每日新闻社，宋耀如在座。3月16日，孙中山夫人卢慕贞及倪珪贞和宋蔼龄在东京遇车祸，宋耀如护送到医院治疗。4月1日宋耀如参加中华民国铁道协会在上海召开的周年纪念会大会。在4月，宋耀如参加孙中山召开的筹建中国兴业公司的第一次、第二次、第三次会议。在这段时间里，宋耀如工作十分繁忙。
正当孙中山和宋耀如夜以继日为中国铁路事业操劳的时刻，善良的人们意想不到的事情发生了。
1913年3月20日，袁世凯、宋秉均为削弱国民党的影响力，派人刺杀宋教仁于上海车站。孙中山闻讯后悲愤异常，决心再起革命。他以宋案、大借款案为名，加紧筹划武装讨袁，举行二次革命。各省纷纷响应；但因革命目标未足以号召全国，各省独立军很快溃散。二次革命期间，宋耀如负责孙中山在九江路的私人办公室，在政治混乱时刻，宋耀如工作很是忙乱！
二次革命失败后，宋耀如隐姓埋名，带着妻子儿女（当时仍在美国的宋庆龄、美龄和儿子宋子文除外）、管家和财物一起逃亡日本。
逃亡日本：为革命心力交瘁
宋耀如一家逃亡日本之后，紧接着，1913年8月3日，孙中山与二三随从乘德国约克号轮船到香港；香港当局禁止登陆，辗转台湾基隆赴日本。孙中山先是与住在神户东方饭店的宋耀如联系，然后确定将来的行动。在日本一上岸，便把宋耀如叫来，密谈二个小时。
日本外务省收藏的外务省档案《有关各国内政之杂纂（中国部）———包括流亡者在内的中国革命问题》这一部书中，外务省的密探详细记录了孙中山当时在日的活动。其中宋耀如、宋蔼龄以及宋庆龄的来往记录也十分详细。这样就保留了宋耀如在日逃亡活动时的详细印记。
宋耀如在东京的中国流亡者名单上所写的职务是“孙文秘书”，抵东京日期是8月20日，住在神田区北神保町中国基督教青年会。据日本外务省档案里所记录的，在日本两年多时间里，几乎每天都出入孙中山住所议事。这期间孙中山也经常给他们发信、发电报、打长途电话。正在逃亡生活紧张时刻，宋庆龄在美国毕业回国。1914年3月，宋蔼龄决定与孔祥熙结婚。在这紧要时刻，宋耀如又命宋庆龄到日本担任孙中山秘书工作。从3月22日的日本外务省档案里，开始出现宋庆龄的名字。每天，宋庆龄由父亲或姐姐陪同，从横滨往东京为孙中山工作。那时，宋耀如的主要任务是帮助孙中山为党筹集革命经费，宋庆龄则负责密电码保管和外事复信。当时，中华革命党人在东南亚发行的报刊刊载中华革命党首领揭露袁世凯迫害国民党的种种罪行。美国政府应袁政府要求，禁止这些报刊在美发行，并拘禁记者。此案辩护律师要求驻日大使馆调查。为回答美大使馆的询问，孙中山准备书面材料，揭露袁世凯的罪状。宋耀如与宋庆龄一起，参与了书面材料的起草工作，同时一起工作的还有廖仲恺。
在这段时间里，宋耀如带着宋庆龄为孙中山革命事业操劳，已经积劳成疾，身体病痛加剧。倪珪贞也因病回上海治疗，宋庆龄陪母亲回上海治病。不久，宋耀如因病重从日本回上海。
