随着中科院学部委员制度建立，一些问题也渐次暴露。首先是选举程序被简化甚至缺失。“第一次选举只是进行了一个摸底，也就是在同行中对候选人做了一些了解，投票也没有严格按照程序进行”，王扬宗说。其次是权威性被削弱。尤其是工程科学和技术领域，有很多人得票很少，同样获选。而“社会科学领域的学部委员完全由领导决定”。凡此种种，导致新中国院士制度从建立之初问题就比较多。
王扬宗撰文《中国院士制度的建立及问题》指出，首批学部委员的人数是前中研院院士的3.6倍。这个数量上的急剧增长，并不代表七八年间中国科学技术水平的提高，而是出于当时国家发展科学技术事业的迫切需要，反映了新生的人民共和国对于科技事业的极大重视。学部委员制是为快速发展中国科学技术事业而采取的举措。
按照1955年6月28日的《中科院学部暂行组织规程》(1955年6月28日)，学部是分工进行学术领导的重要机构，然而有意味的是，学部和学部委员在学术方面的领导作用相当有限。
现已退休的前中科院院史研究室主任樊洪业撰文指出：“中科院学部虽然名义上是对院属各研究所实行对口的学术领导，但学部常委只是在头两年有些‘议事’，未久即形同虚设。各学部的办公室也迅速蜕变为院机关中的业务行政部门。”
王扬宗认为，在中科院的领导体制中，科学院党组、正副秘书长和学术秘书处(1956年7月撤销)、计划局等有关领导机构，具有更大权威，在许多具体环节，学部委员的学术领导权很难落实。“比如，华罗庚虽然担任数理学部副主任和数学所所长，但有时对所务和学术的领导权还不如一些党员；一些学部常委还不如学部秘书重要”。
由此，他认为，归根结蒂，就是当时中共和知识分子之间还存在隔阂，前者对后者不很信任。因此，学部委员的学术领导作用受到限制，以至于“文革”一开始，学部委员首当其冲被当做批判对象，学部委员制度遂告停止，并且一停就是十年。
院士制度异化
“文革”结束后，经中共中央同意，学部恢复，在增选学部委员的同时，开始着手建立院士制度，主要以1980年7月，中科院联合中国社科院向国务院递呈《关于建立院士制度的请示报告》和《中科院、中国社科院院士条例(草案)》为标志。
到1990年，学部委员的老龄化问题比1980年增选时更为严重，322名学部委员的平均年龄已超过75岁。为此，曾经参与组织1980年学部委员增选工作的钱三强于当年5月给国务院总理李鹏写信建议增选学部委员，经李鹏同意，随后增选工作顺利进行，并于1991年12月26日，增选名单获国务院正式批准，不久公布。
“1990年的学部委员增选是我国院士制度建立过程中的一个重要转折点”，王扬宗认为，原来赋予学部委员的权力被削弱，转而以咨询职能为主。
1984年12月中央书记处会议讨论决定，拟在中国建立院士制度，将中科院学部委员称号改为院士。当时设想第一批院士(包括社会科学)仅为200人，但是由于存在较大争议，直到1994年初，最终决定所有学部委员一律转为院士。
其间，1992年第六次学部委员大会通过了《中科院院士章程》，并于此后至今六次修订。其中规定，中科院院士“是国家设立的科学技术方面的最高学术称号，为终身荣誉”。
“将学部委员一律转为院士，决定了我国院士的规模较大，增选数额也较多，势必降低院士的学术资格标准”，王扬宗认为，少数院士的学术表现以及院士增选中的种种问题与院士称号的崇高荣誉很不相符。“这些问题，近年来随着全社会对科学技术日益重视，甚至有日益突出的趋势。”
王扬宗用院士制度的变异来描述这种趋势。他认为，“院士俨然成为一种新的独特的特权阶层。至于院士在升迁、工作安排、申请经费、评奖、社会荣誉等方面享有的特殊权利，几乎已形成成文和不成文的制度。”
剥离与改革
上述不愿透露姓名的专家认为，现在的院士制度之所以出现严重“异化”，主要原因在于非学术性因素过多。“要照顾年龄平衡、地域平衡，类似这样的政策持续下去，就成为造成制度不公平的环境”。
由此，他认为，要实现院士制度的科学性，树立院士的荣誉，就必须剥离这些因素。
王扬宗认为，除此之外，一些单位为增选院士所做各种名目的活动应予禁止，“虽然规则有强调，但是中国的人情世故常常起作用，这在选举时会受影响”；其次还有意识形态的因素，这主要体现在社会科学领域，我国社科院士参差不齐、无法与国际比肩的一个重要因素在于意识形态限制较多，缺乏科学标准，所以，“应解放思想，弱化这方面的因素干扰”。
除了剥离，更重要的建议是改革。一直提出要把院士拉下“神坛”的中国人民大学教授顾海兵认为，由于院士制度从建立之初章程中一些规定就缺乏法律依据，导致学术与权力绑定在一起，那么改革就要由此启动，要么暂停院士制度，“十年八年后各项标准更加客观完备、科学素养和水平达到了预期高度再恢复”；要么加快政治体制改革步伐，带动院士制度的自然完善。
王扬宗则认为，控制院士规模是首要之义，“是改革现行院士制度的必要前提”。应像国家自然科学一等奖和技术发明奖评选一样，宁缺毋滥。并要给院士称号降温，“必须想一些切实的办法进行改革，让院士称号回归到高标准和纯净且有尊严的荣誉。”
在此基础上，要坚持国际通行的资格标准，提升中国院士的资格要求，是改革现行院士制度的当务之急。与此同时，要吸纳更多具有国际水准的院士进入，以确保整体水平，而这亟待拆除观念和政策上的种种不必要的壁垒和科技体制障碍。
所幸的是，问题虽多，有关方面已开始重视。据本刊了解，今年将由中科院挑头，与中国社科院等相关单位一起，做院士制度的调研，并提出改进办法。“该工作已经开始启动”，一位知情人士告诉《中国新闻周刊》。不过他也坦言，不必对此举寄望过高，因为“许多问题并非中科院所能解决”。 ★
